Deus Ex: Mankind Divided è ambientato esattamente due anni dopo quanto avvenuto nel capitolo precedente, ovvero Human Revolution. Ci si potrebbe chiedere il perché di questa scelta narrativa, che punta dunque a una certa continuità nella trama.
Il narrative director della produzione, Mary DeMarle, si è espressa in questi termini: “Volevamo che la storia andasse avanti, per poter osservarne gli effetti sul mondo di gioco. Dopo un evento della portata di quello di Human Revolution il mondo sta ancora lottando, cercando di trovare una direzione. Non è passato così tanto tempo, ma d’altra parte non si può più tornare indietro, e si dovrà fare i conti con le conseguenze delle azioni passate.”